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    Manifestations subventionnées

    Le LMH soutient l'organisation de manifestations scientifiques dans le domaine des mathématiques (conférences, colloques, écoles d'été etc...) sur le périmètre de Paris-Saclay.

    2021

    2020

    2019​

    •  Minisymposium sur l'évolution des préférences sexuelles dans le colloque Mathematical Models of Ecology and Evolution, Lyon, 16-19 juillet 2019
    •  Journées SPOmics, Gif-sur-Yvette, 17-18 juin 2019

    2018

    Bilan scientifique de la conférence

    L’objet de cette conférence était la modélisation de populations d’individus en interaction, avec comme objectif de mettre en avant les liens existants et potentiels entre différentes communautés liées à la modélisation mathématique de systèmes en interaction : probabilistes et analystes (EDP) intéressés par des modèles en biologie, biologistes théoriciens et probabilistes travaillant sur des systèmes de particules en interaction. La conférence a également permis de mettre en avant la variété et l’importance des contributions de Sylvie Méléard (Ecole polytechnique) aux différentes approches discutées, à l’occasion de son soixantième anniversaire.

    Cette rencontre de 5 jours s’est tenue à l’Institut Henri Poincaré (Paris), avec 160 chercheurs inscrits(dont 36 étrangers et 30 chercheurs de province; la liste est donnée en annexe) comptant 34 orateurs (dont 9 étrangers et 11 de province; liste en annexe également). Pour ce qui est de la représentation féminine, nous avons compté 46 participantes dont 8 oratrices. 

    Deux journées ont été consacrées aux modèles probabilistes et déterministes de populations biologiques, une à des modèles issus de la mécanique statistique, la finance et la biologie et les deux dernières journées à des exposés variés en probabilités, systèmes dynamiques et leurs applications.

    2017

    •  Journée de la transcriptomique végétale (4ème édition), Gif-sur-yvette, 16 mai 2017

    https://colloque.inra.fr/transcriptomique-vegetale/

    Cette journée était ouverte à toutes les personnes intéressées par les analyses du transcriptome chez les plantes et les outils développés par la Plateforme de TranscriptOmique de l'iPS2 - POPS. Nous avons accueilli 75 participants. Le matin, nous avons eu 5 présentations couvrant les différents aspects de la plateforme (outils disponibles et développements en cours, analyses bioinformatiques et statistiques), des projets innovants menés par des utilisateurs en collaboration avec la plateforme mais aussi les derniers développements technologiques du domaine. L'après-midi, 5 ateliers étaient organisés pour discuter de thèmes d'actualité en transcriptomique. Les thèmes de cette année étaient sur i) les méthodes de segmentations, ii)  qu'est-ce qu'un réseau de gènes et comment les modèles graphiques peuvent répondre aux questions des biologistes iii) les méthodes pour la recherche de motifs de régulation iv) comment réaliser des experiences transcriptomiques à partir d'échantillons collectées dans la nature ou en champs et v) la transcriptomique pour les interactions plantes-micro-organismes. Un retour des ateliers en pleinière a cloturé cette journée. Cette quatrième édition a eu lieu  sur le site de Paris-Saclay à l'IPS2, les participants ont ainsi pu découvrir l'Institut et ses infrastructures. Le retour des participants est très positif et souhaite que cette journée soit maintenue annuellement car elle permet de réellement faire un point sur une technologie en pleine évolution.

    Comité d'organisation: tous les membres de la plateforme transcriptomique de l'IPS2

    Comité scientifique: Etienne Delannoy, Claire Lurin, Marie-Laure Martin-Magniette et Ludivine Soubigou-Taconnat

    2016

    •  Ecole d’été « From gene expression to genomic network »  Centre Port Royal à Saint-Lambert, du 17-22 juillet 2016

    https://www6.inra.fr/saclay-plant-sciences/Formation/Ecoles-d-ete/Ecole-d-ete-2016

    Cette école, cofinancée avec le labex SPS, a réuni  1 étudiant de M2, 16 doctorants et 6 post-doctorants, intéressés par divers aspects de la biologie végétale et des statistiques. Ils ont passé une semaine à travailler ensemble sur les différentes étapes d’analyses bio-informatiques et statistiques appliquées aux données omiques, en particulier la transcriptomique. Chaque étape était présentée par des spécialistes du domaine reconnus à l’échelle internationale, qui ont mis leur expertise et leur pédagogie à la disposition des participants.

    Le programme était intensif pour les 23 jeunes scientifiques sélectionnés, venant de laboratoires de 7 pays européens et représentant 9 nationalités à travers le monde. Les participants ont souligné la qualité des présentations et la large vision générale apportée par le programme scientifique, avec un très vaste panel de sujets et d’approches. Dans ce contexte international, ils ont aussi fortement apprécié les interactions constructives et utiles entre participants aussi bien qu’avec les organisateurs et les intervenants qui, pour la plupart, ont passé la semaine entière avec les jeunes chercheurs.

     

    • Ecole d'été : EDP et probabilités pour les sciences du vivant, CIRM (Marseille), du 2-8 juillet 2016.

    http://fconferences.cirm-math.fr/1426.html

    Nous avons accueilli 81participants, dont 60 doctorants et post-doctorants, 14 orateurs, 5 organisateurs et 2 membres du comité scientifique et/ou des organismes ayant financé cette école. Le but de cette école était de rassembler de jeunes chercheurs en probabilité et EDP, appliquées aux sciences du vivant. L'école a commencé par deux jours de cours d'introduction aux notions mathématiques abordées par la suite, destinés en priorité aux doctorants en premières années de thèse. Ces journées ont été suivies par 5 jours de cours et exposés, en EDP et Probabilités appliquées d'une part aux neurosciences, et d'autre part au déplacement d'individus. Les participants ont ainsi pu suivre 4 cours de 3h, sur la dynamique des populations spatialement structurées, et sur la modélisation mathématique de l'activité neuronale, abordées par des points de vue probabilistes et EDPistes. 8 exposés d'une heure ont été donnés par des chercheurs en science du vivant ou en mathématiques appliquées. 12 post-doctorants et doctorants en fin de thèse ont par ailleurs donné des exposés de 20 minutes, et une session posters a eu lieu le mardi soir.

    Orateurs des cours principaux: Gregory Faye (Institut de Mathématiques de Toulouse), MichèleThieullen (Université Pierre et Marie Curie), Laurent Desvillettes (ENS Cachan), Joaquin Fontbona (University of Chile).

    Orateurs des cours d'introduction: Bertrand Cloez (INRA Montpellier), Ayman Moussa (Université Pierre et Marie Curie).

    Comité d'organisation: Vincent Bansaye (Ecole Polytechnique), Camille Coron (Université Paris-Sud), Pierre Gabriel (Université de Versailles), Thomas Lepoutre (Université Claude Bernard Lyon I), Gaël Raoul (Ecole Polytechnique).

    Comité scientifique: Henri Berestycki (CAMS, EHESS), José Carrillo (Imperial College), Sylvie Méléard (Ecole Polytechnique).

    2015

    •  Workshop « System Biology, cellular and Molecular Biotechnology », IHES, 14-18 décembre 2015.

    https://indico.math.cnrs.fr/event/742/

    The workshop has collected top-level scientists from different fields in IHES.

    A specially structured substantial «discussion part », has allowed several modes of possible communications. While most of the talks at the conference have been delivered by biologists, a group of top-level mathematicians have participated to discussions on the hot questions raised by biologists, which can’t be solved without deep mathematical analysis.

    Scientific Questions addressed : Analysis of Complex Systems ; Reconstruction of multi-scale dynamics and emergence and immergence processes ; Analysis of structure and scaffold ; Mathematical analysis of molecular networks ; Genome engineering ;
Artificial molecules design.

     

    •  Conférence « Algorithmics, Bioinformatics and Statistics for NGS data analysis », Institut Curie, 22-23 juin 2015.

    https://sites.google.com/site/abs4ngs/workshop2015

    The ABS4NGS conference has brought together scientists working in biology, bioinformatics, computer science and statistics in order to present and discuss recent advancements in the analysis of NGS data. A non-exhaustive list of topics includes genome sequencing and reconstruction, analysis of transcriptional landscape, models of epigenomics, and other computational and statistical tools recently proposed by the research community.

    The workshop has covered both methodological issues of NGS data analysis and biological questions that can be answered through the analysis of high throughput sequencing datasets. Speakers included computational scientists, bioinformaticians, molecular biologists and clinicians working with NGS data. Workshop topics: Methodology of read mapping, assembly and automatic strategies for read error correction, Variant calling and clinical applications of NGS, High Throughput Chromosome Conformation Capture analysis, domain detection and inferring the three-dimensional structure of the genome, Transcriptome assembly, isoform quantification and annotation of abnormal transcripts in cancer datasets, Strategies for ChIP-seq data analysis and their application for prediction of epigenetic regulation.